A história da varas do Trabalho do Maranhão começa com a própria história da Justiça do Trabalho no país, criada pelo decreto-lei 1.237/39, de 5 de maio de 1939, que organizou a Justiça do Trabalho, criando as Juntas da Conciliação e Julgamento e os Juízes de Direito, os Conselhos Regionais do Trabalho e o Conselho Nacional do Trabalho. No caso do Maranhão foi criada a Única Junta de Conciliação e Julgamento, instalada em 1º de maio de 1941 pelo então presidente Getúlio Vargas, vinculada à 7ª Região, que abrangia os estados do Ceará, Piauí e Maranhão. A 2ª JCJ foi inaugurada 38 anos depois em junho de 1978. No interior do estado, o primeiro órgão trabalhista foi a JCJ de Imperatriz, instalada em 15 de dezembro de 1986.

A 1ª Junta de Conciliação e Julgamento funcionou, inicialmente, na Rua Grande, o principal centro comercial da cidade. Em seguida, mudou-se para a Avenida Gomes de Castro, onde hoje está o Centro Cultural do Sesc. Depois, no início da década de 70, a 1ª Junta de Conciliação e Julgamento de São Luís passou a funcionar na rua de Santaninha. 

No final da década de 70 foi criado o Fórum Astolfo Serra (Foto) para abrigar a 1ª e a 2ª JCJ São Luís, esta última instalada em junho de 1979 e criada pela Lei 6.563/78, de 19 de julho de 1978. Uma mulher assume a presidência da segunda junta. A Juíza Maria Eunice Bezerra H. Ribeiro dos Santos esteve à frente da JCJ de abril a dezembro de 1979. As duas juntas pertenciam a 7ª Região (Ceará).

Com a instalação do TRT em 1989 a estrutura administrativa e judicial do TRT aumentou. Eram apenas quatro Juntas de Conciliação e Julgamento até 1989. De 1990 a 1997 foram instaladas nove JCJs. Em 2003 houve novo processo de ampliação com a criação de oito novas varas trabalhistas. Atualmente a Justiça do Trabalho do Maranhão possui 23 varas trabalhistas e está presente em 15 municípios.

Atualmente a Justiça do Trabalho do Maranhão está presente em 15 municípios e possui 23 Varas Trabalhistas. Em 6 de dezembro de 2011, foi instalada primeira vara do trabalho eletrônica do Maranhão, a 7ª Vara do Trabalho de São Luís, precisamente a 22ª Vara Trabalhista do estado. Em nove de dezembro de 2011 foi instalada a 23ª Vara do Trabalho do Maranhão, no caso a 2ª VT de Imperatriz.