Criada pela Lei nº 6.563 de 19.07.1978, a 2ª Vara do Trabalho de São Luís, então Junta de Conciliação e Julgamento, foi inaugurada em junho de 1979, chegando 38 anos após a instalação da 1ª Junta de Conciliação e Julgamento de São Luís, instalada em 1941. À época de sua criação, o segundo órgão trabalhista do estado do Maranhão estava vinculado ao Tribunal Regional do Trabalho da 7ª Região (Ceará), que tinha jurisdição sobre os estados do Maranhão, Piauí e Ceará. O então presidente do TRT da 7ª Região era o juiz Francisco Osmundo Pontes, que respondeu pela presidência entre os anos de 1976 a 1980 e 1986/1988). A JCJ foi criada no governo de Ernesto Geisel (1974-1979).

A 2ª Junta de Conciliação e Julgamento CJ de São Luís funcionou inicialmente no prédio número nº 398, na Rua Salvador de Oliveira (Rua de Santaninha), onde se formou um complexo com a aquisição de mais dois imóveis naquela área, para abrigar as Juntas de Conciliação e Julgamento da capital maranhense.  O Fórum Astolfo Serra, criado para abrigar à época as duas Juntas de Conciliação e Julgamento de São Luís, foi inaugurado oficialmente a 24 de fevereiro de 1985. O conjunto arquitetônico que deu origem ao Fórum Astolfo Serra, formado pelos três prédios, ainda veio a abrigar a 3ª e 4ª Junta de Conciliação e Julgamento de São Luís, instaladas em 10 de novembro de 1992. Em 21 de maio de 1999, o Fórum Astolfo Serra muda de endereço e a 2ª JCJ passa a funcionar no Anexo C do Tribunal Regional do Trabalho, na Areinha, ao lado do prédio-sede, abrigando quatro órgãos trabalhistas.  Dez anos depois, a 30 de abril de 2009, são inauguradas as novas instalações do Fórum Astolfo Serra, passando a funcionar na avenida Senador Vitorino Freire, próximo à avenida Kennedy, comportando seis varas trabalhistas.

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JURISDIÇÃO
A jurisdição originária da 2ª Vara do Trabalho de São Luís deriva Lei nº 6.563/78, e incluía apenas o município de São Luís. Com a criação do Tribunal Regional do Trabalho da 16ª Região, pela Lei nº 7671, de 21 de setembro de 1988, as Juntas de Conciliação e Julgamento sediadas nos Estados do Maranhão e Piauí ficaram transferidas, com seus funcionários e seu acervo material, para o Tribunal Regional do Trabalho da 16ª Região, sem prejuízo dos direitos adquiridos e respeitadas as situações pessoais de seus Juízes, Vogais e servidores. Á época, a jurisdição contemplava as duas Varas do Trabalho em São Luís, e as Varas do Trabalho Imperatriz e Bacabal, no interior do Maranhão, além de uma Vara do Trabalho em Teresina e outra, no interior do Piauí, em Parnaíba.

Com a Lei 8432, de 11 de junho de 1992, que criou oito novas varas trabalhistas no Maranhão e ampliou a jurisdição,  foi redefinida a jurisdição abrangendo os municípios de São Luís, Rosário, Santa Rita, São José de Ribamar e Paço do Lumiar. A partir de 21 de novembro de 2003, com a Lei 10.770, é que foram incluídos os municípios de Alcântara, Bacabeira e Raposa.

Em 2012, o TRT do Maranhão passou a abranger a totalidade dos municípios maranhenses, sendo confirmada a jurisdição da 2ª Vara do Trabalho de São Luís. (Resolução Administrativa TRT-MA nº 091/2012).

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JUÍZES TITULARES
A juíza Maria Eunice Ribeiro Santos foi a primeira juíza da 2ª Junta de Conciliação e Julgamento de São Luís e a primeira mulher a presidir uma Junta de Conciliação e Julgamento no Maranhão. Ela esteve à frente da 2ª JCJ de São Luís entre abril e dezembro de 1979, sendo substituída pelo juiz José Teles Monteiro (Ato de Nomeação do presidente da República João Batista Figueiredo). Ela foi a quinta colocada no primeiro concurso para juiz do Trabalho da 7ª Região. Para assumir a presidência da JCJ, a juíza moveu uma ação contra a União. Depois de dez anos ganhou a causa. (IN: Parágrafo Único Ano II nº 01 – Fevereiro de 1995). Foi substituída pelo juiz José Teles Monteiro.

• Juíza Maria Eunice Ribeiro Santos (primeira mulher a presidir uma JCJ no Maranhão - abril a dezembro de 1979
• Juiz José Teles Monteiro (Julho de 1980 a 1982)
• Juiz Alcebíades Tavares Dantas (Novembro de 1982 a Novembro de 1988)
• Silvio de Albuquerque Mota (Fevereiro de 1989 a Maio de 1990)
• Juiz Antonio Ernane Cacique de New York  (Junho de 1992 a Dezembro de 1992)
• Juiz Jorge Luis Girão Barreto  (Janeiro de 1993 a Julho de 1994)
• Juiz Gérson Rodrigues de Lima (Julho de 1994 a  Agosto de 2002)
• Juíza Ilka Esdra Silva Araújo  (Outubro de 2002 a Julho de 2005)
• Juiz Saulo Tarcísio de Carvalho Fontes (Outubro de 2005)

DIRETORES DE SECRETARIA

• Danilo Jansen da Silva (Julho/1980 a Maio/1989 - Março/1996 a Junho/2001)
• Fernanda Martins Dantas (Agosto/1989 a Julho/1991)
• Glaucia Maria Tavares Dantas (Julho/1991 a Março/1996)
• Danilo Jansen da Silva
• Márcia Regina Belfort Salgueiro (Julho/2001 a Dezembro/2001)
• Éricka Braga Nunes (Janeiro/2002 a Dezembro/2002)
• Domingos Carlos dos Santos Neto (Dezembro/2002 a Novembro/2006)
• Ubiratan do Pindaré de Almeida Sousa (Janeiro/2007 a Abril/2021)
• Delano Nunes Almeida (Maio/2021 até a presente data

Documentação e Pesquisa: Edvânia Kátia